Кафедра госпитальной хирургии Омского государственного медицинского института была организована в 1922 г., на базе гарнизонного госпиталя. Ее основателем и первым профессором  (1922-1933) был В.Л.Борман. Тематика научной работы кафедры была посвящена, в основном, вопросам урологии.

В 1933-1937 гг. кафедру возглавлял профессор А.А.Ожерельев, по инициативе которого, местом размещения кафедры стала вновь построенная железнодорожная больница.  Кафедра разрабатывала вопросы переливания крови, эндемического зоба, онкологии.

В 1939-1940 гг. заведовал кафедрой профессор В.И.Иост, а в конце 1940 г – профессор А.П.Попов. Клиника осуществляла большую работу по оказанию неотложной хирургической помощи городу.          

В 1941-1951 гг. кафедру возглавлял профессор В.Д.Анчелевич. Под его руководством в годы В.О.В. и в послевоенное время кафедра уделяет большое внимание вопросам травматических повреждений, переливания крови; началось освоение эндотрахеального наркоза, операций на легких и пищеводе.     

В 1951-1956 гг. кафедрой последовательно заведовали профессор А.Н.Окулова, профессор А.В.Герасимова и доцент В.В.Шкляев.

В 1956-1962 гг. кафедру госпитальной хирургии с курсом ВПХ возглавлял профессор Г.Д.Шушков. Коллективы кафедры и клиники успешно работали над проблемой травматического шока, выполнялись сложные операции на грудной клетки и брюшной полости.

В 1962-1985 г. кафедрой заведовал профессор Н.С.Макоха, который в 1964 г. защитил докторскую диссертацию, посвященную проблеме панкреатодуоденального рака, и эта тема становится в последующие годы основной в научно-исследовательской работе кафедры. Получили, также серьезную разработку вопросы хирургии печени и желчного пузыря. В хирургическую практику был внедрен метод открытого плоскостного дренирования брюшной полости при разлитом гнойном перитоните.

Длительное время (1963-1980 гг.) кафедра располагалась на базе МСЧ-2, а затем вновь вернулась в Железнодорожную отделенческую больницу.

В 1985-1997 гг. кафедрой руководил профессор В.В.Павлов. В эти годы тематикой научных исследований кафедры были вопросы хирургической инфекции (гнойные раны, перитонит, хирургический сепсис), совершенствовались методы диагностики панкреатодуоденального рака.

С 1991 г. базой кафедры стала вновь построенная БСМП (в настоящее время МУЗ ГК БСМП №1).

В 1997-1999 гг. обязанности заведующего кафедрой исполнял профессор С.И.Яжик. Тематика научной работы кафедры оставалась прежней.

С 2000 г. кафедра госпитальной хирургии переименована в курс хирургических болезней при кафедре общей хирургии (зав. проф. К.К.Козлов), а в 2001 г. реорганизована в кафедру хирургических болезней №2. С 2005 г. к кафедре вернулось ее прежнее название – кафедра госпитальной хирургии.

С 2000 г. и по настоящее время кафедру возглавляет профессор С.И.Филиппов. Приоритетом научно-исследовательской деятельности являются проблемы профилактики и лечения гнойной инфекции с использованием новых технических  средств и физических факторов.

За годы существования кафедры подготовлено и защищено 4 докторских и 27 кандидатских диссертаций (практическими врачами выполнено 12 диссертаций). Сотрудниками кафедры опубликовано 448 научных работ, издано 4 монографии, получено 7 авторских свидетельств, 5 патентов РФ, 16 рационализаторских предложений. Результаты научных исследований неоднократно докладывались на Всероссийских, международных симпозиумах, съездах и конференциях.

По результатам исследований кафедры в хирургическую практику внедрен ряд оригинальных методик. К ним можно отнести:

1)    аутогемоперфузию через изолированную ксеноселезенку;

2)    применение плоскостного дренирования брюшной полости при лечении разлитого гнойного перитонита;

3)    создание нового способа антирефлюксного билиодигестивного анастомоза при механической желтухе;

4)    разработку оптимальных способов диагностики и лечения высоких блоков желчных путей при злокачественных опухолях;

5)    лапароскопическую холецистэктомию;

6)    электрогидравлический способ санации высоковольтным электрическим разрядом  гнойных ран и брюшной полости при перитоните;

7)    применение низкочастотного ультразвука с газовыми компонентами при лечении гнойных ран и перитонита;

8)    применение плоскостного сорбционного дренирования брюшной полости в сочетании с регионарной лимфотропной терапией в комплексном лечении больных с распространенным гнойным перитонитом;

9)    применение ЭОВИЭР в хирургическом лечении больных с гнойно-деструктивным пиелонефритом;

10) использование метода ультразвуковой некрсеквестрэктомии в лечении больных панкреонекрозом.