Кафедра детских болезней организована в 1922 году и связана с именем выдающегося ученого-педиатра, академика О.Д. Соколовой-Пономаревой, она руководила кафедрой до 1954 года. Научные исследования осуществлялись в тесном взаимодействии с запросами практического здравоохранения. В 1931 году О.Д. Соколова-Пономарева стала первой женщиной - профессором по детским болезням в России. В том же году при медицинском институте был создан педиатрический факультет, единственный в то время на обширной территории Урала, Сибири и Дальнего Востока, который возглавила и создала О.Д. Соколова-Пономарева. В 1954 О.Д. Соколова-Пономарева назначена директором НИИ Педиатрии АМН СССР в г. Москве. Затем избирается действительным членом АМН СССР, главным педиатром МЗ СССР.

В 1954 году кафедру возглавила В.П. Бисярина, впоследствии акад. РАМН, профессор, Герой Социалистического Труда, почетный гражданин г. Омска.

Коллектив кафедры в течение многих лет изучал особенности клиники и эпидемиологии ревматизма, бруцеллеза, туберкулеза у детей и на этой основе методы ранней диагностики, эффективного лечения профилактики указанных заболеваний.

В 80-е годы на кафедре проводилась большая работа по изучению неревматических поражений сердца и функциональных кардиопатий, процессов адаптации и дизадаптационных расстройств у детей. Материалы исследований были доложены на восьми международных конгрессах. Значимость их подтверждается включением в фундаментальные руководства по педиатрии.

В 1965  году кафедру возглавила доцент Н.О. Скольская. На кафедре проводились научные исследования в области физиологии и патологии детей периода новорожденности. Результатом этих исследований явились докторские диссертации Е.А. Ефимовой (1972) и Н.О. Скольской (1974).

С 1985 года кафедру возглавлял Н.В. Соботюк. 

Основными научными направлениями работы кафедры становятся:

• исследования особенностей онтогенеза иммунной системы детей раннего возраста и его связь с вакцинальным процессом;
• аллергоиммунология детского возраста;
• проблемы детской кардиологии; 
• гастроэнтерология детей и подростков.

С 2011 года кафедру возглавляет профессор Е.А. Потрохова. Научным направлением кафедры является изучение особенностей течения соматической патологии у детей на фоне хронической Эпштейн-Барр вирусной инфекции. Под руководством профессора Е.А. Потроховой  защищено 3 кандидатских диссертации.